Лаборатория ихтиопатологии создана в 1932 году одновременно с организацией института. В 60 и 70-х годах были проведены работы по изучению паразитов и заболеваний новых акклиматизантов – дальневосточных растительноядных рыб, а затем американского сома и буффало. Были изучены особенности эпизоотологии заболеваний, разработаны эффективные меры борьбы с ботриоцефалезом, кавиозом, крустацеозами и дактилогирозом карпа и растительноядных рыб.
В 70 и 80-х годах изучены причины возникновения некроза жабр карпа в прудах, установлена его незаразная этиология и разработаны эффективные методы профилактики и терапии. Разработан метод диагностики и борьбы с рядом других незаразных заболеваний: вертежом карпа в садково-бассейновых хозяйствах, газопузырьковой болезнью, кандидомикозом (тимпанией) молоди осетровых рыб.
В настоящее время лаборатория ихтиопатологии Филиала по пресноводному рыбному хозяйству ФГБНУ "ВНИРО" ("ВНИИПРХ") является многопрофильным подразделением по изучению болезней рыб. Сотрудники лаборатории оказывают научно-методическую и практическую помощь в разработке комплекса лечебно-профилактических мероприятий на товарных рыбоводных и рыболовных хозяйствах, при воспроизводстве молоди ценных видов рыб.